После присоединения к ВТО Казахстан перед странами ЕАЭС взял на себя обязательство создать систему прослеживаемости товаров, к которым применяются пониженные ставки таможенных пошлин. Так, на базе действующей информационной системы «Электронные счета-фактуры» в рамках проекта Всемирного банка реализуется модуль «Виртуальный склад», который позволит в режиме реального времени производить автоматизированный подсчет остатков товаров на складе налогоплательщика, а также отслеживать цепочку перемещения от ввоза в Казахстан до конечного потребления (списания). Механизм работы виртуального склада построен таким образом, что без оприходования товаров его реализация невозможна, т.е. ИС ЭСФ не даст выписать счет-фактуру, тем самым минимизируется риск совершения бестоварных операций. Для этого налогоплательщику необходимо вводить остатки товаров во вкладку «Виртуальный склад».